კლუბის მიმდინარე ხელმძღვანელობა: პრეზიდენტი — ფრანც ბეკენბაუერი; ვიცე-პრეზიდენტები — დოქტორ ფრიტე შრერერი, კარლ-ჰაინც რუმენიგე, ჰანს შიფელი; მენეჯერი — ული ჰიონესი; მწვრთნელი — იურგენ კლინსმანი, მუშაობს 2008 წლის 1 ივლისიდან. კონტრაქტი 2010 წ. მთავარი სპონსორია T-Mobile.ბაიერნის ისტორია 1900 წლიდან იწყება. მისი დაარსება დაკავშირებულია ფეხბურთის ფუნქციონერ ფრანც ჯონის სახელთან, რომელიც გუნდის პირველი პრეზიდენტი იყო. გუნდის აღზევება დაიწყო 1907 წელს, როდესაც ბაიერნი ახალ ბაზაზე — ლეოპოლდშტრასეზე გადავიდა. გუნდის პირველი მიღწევა გახდა მიუნხენის ფეხბურთში ლიდერობა და შესამჩნევი გაუმჯობესება ფანებისთვის, რომლებსაც თამაშის ყურება უკვე დამსხდრებს შეეძლოთ. ბაიერნი პოპულარული გახდა 1910 წელს, როდესაც გუნდმა აღმოსავლეთის მიწების თასი მოიგო. მომდევნო წელს მიუნხენელებმა დაიცვეს ტიტული ისე, რომ არც ერთი შეხვედრა არ წაუგიათ. მოგვიანებით გუნდში გამოჩნდა გერმანიის ნაკრების ფეხბურთელი — მაქს გაბლონსკი. ამ მოვლენის შემდეგ საქმე კიდევ უფრო უკეთესად წავიდა. 1920 წლისათვის ბაიერნში გაწევრიანებული იყო 700-ზე მეტი წევრი და ცოტა ხანში გუნდი ისეთი ძლიერი გახდა , როგორიც დღესაა.

ბაიერნის ემბლემები 1900-2002 წლებში
1926 წელს ბაიერნმა სამხრეთის მიწების ჩემპიონატი მოიგო, ხოლო 1932 წელს გერმანიის ჩემპიონის პირველი ტიტული მოიპოვა, მოუგო რა ფრანკფურტის აინტრახტს ანგარიშით 2:0. გოლები გაიტანეს რორმა და კრუმმა, გუნდის ლიდერები იყვნენ ჰაიდკამფი და ბრაინდლი. გუნდის მწვრთნელად, მასაჟისტად, მენეჯერად და ხელმძღვანელად მუშაობდა რიჩარდ დომბი.
მეორე მსოფლიო ომმა ძალზედ დიდი გავლენა მოახდინა სპორტზე. ის კიდევ უფრო დიდი ხნით ანელებდა ფეხბურთის განვითარებას. ამ კატასტროფის შემდეგ, გერმანულ ფეხბურთს სჭირდებოდა დრო, რათა დაებრუნებინა თავისი დაკარგული პოზიციები.
1957 წელს ბაიერნმა გერმანიის თასი მოიგო. ამ უმნიშვნელოვანეს მატჩში, აუგსბურგის სტადიონზე, რომელიც 42000 ათას ადამიანს იტევდა, ბაიერნის კაპიტანმა — ჯობსტმა გუნდი დიუსელდორფის ფორტუნის წინააღმდეგ გამარჯვებამდე მიიყვანა. ბაიერნმა 1:0 მოიგო. ამ გამარჯვებას მოჰყვა არც თუ ისე გრძელი წარუმატებლობები, რომლის დროსაც ბაიერნმა ვერაფერი ვერ მოიგო. 1963 წელს, ბაიერნი არ იქნა დაშვებული ახლად დაარსებულ ბუნდესლიგაში. მაგრამ ორი წლის შემდეგ, გუნდმა ბუნდესლიგის სიმაღლეების დაპყრობა დაიწყო. ამ დროს გუნდის მწვრთნელი იყო ზლატკო ცარკოვსკი. კლუბი შევიდა მისი უდიდესი წარმატებების პერიოდში — ფრანც ბეკენბაუერისა და კომპანიის ხანაში.
ფრანც ბეკენბაუერი ბაიერნში გადავიდა, თუმცა მას ჰქონდა შანსი ეთამაშა მიუნხენ 1860-შიც. ცარკოვსკიმ იგი პლეი-ოფის თამაშებში პირდაპირ ძირითად შემადგენლობაში დააყენა. კარებში ლეგენდარული ზეპ მაიერი იდგა. თავდასხმაში კი თამაშობდა გერდ მიულერი. ამ ფეხბურთელებმა ბაიერნს დიდი წარმატებები მოუტანეს. 1965/66 სეზონში გუნდი მესამე ადგილას გავიდა. ბეკენბაუერი და ზეპ მაიერი კი ნაკრებში გამოიძახეს ინგლისის მსოფლიო ჩემპიონატზე სათამაშოდ. სამწუხაროდ გერმანია მხოლოდ მეორე ადგილზე გავიდა, წააგო რა ფინალში ინგლისთან. თუმცა სეზონი ისე არ დამთავრებულა, ბაიერნს ორი ტიტული რომ არ მოეგო. მსოფლიო ჩემპიონატის წინ გუნდმა ისევ გერმანიის ჩემპიონატი მოიგო, დაამარცხა რა ფინალში მაიდერიხერი ანგარიშით 4:2.
1967 წელს ბაიერნმა ევროპული მწვერვალებიც დაიპყრო. თასის მოგების შემდეგ ჰამბურგის წინააღმდეგ ანგარიშით 4:0, გუნდმა ბეკენბაუერის თავკაცობით შეასრულა დუბლი, როცა თასების თასი მოიგო. ფრანც როტმა, რომელსაც ხშირად გაჰქონდა მნიშვნელოვანი გოლები, 109 წუთზე სელტიკის წინააღმდეგ გოლი გაიტანა და გუნდს თასების თასი მოაგებინა.1968 გარდატეხის წელი იყო. ბრანკო ზებეკი, რომელმაც შეცვალა ცარკოვსკი, წავიდა ისეთ უკიდურეს ნაბიჯზე, როგორიც იყო ლუდის მოხმარების საერთოდ აკრძალვა. თუმცა, მრავალრიცხოვანი დაცინვის მიუხედავად, ბაიერნის ფანები კმაყოფილნი იყვნენ, რადგან გუნდმა დუბლი შეასრულა: გერმანიის ჩემპიონის ტიტული მოპოვებული იქნა 8 ქულიანი ჰანდიკაპით, ხოლო თასის ფინალში დამარცხებული იქნა შალკე 04. მაგრამ ამავე დროს გამოჩნდა გუნდი, რომელმაც დიდი პრობლემები შეუქმნა ბაიერნს — მიონხენგლადბახის ბორუსია. ბორუსიამ გერმანიის ჩემპიონობა ორჯერ 1970–71 წლებში მოიგო და უკან ჩამოიტოვა ბაიერნი.
1972 წელს მიუნხენელებმა დაიბრუნეს ტიტული უკვე ოლიმპიაშტადიოზე უდო ლატეკის ხელმძღვანელობით. გუნდს კიდევ ერთი სიხარული მიზეზი ჰქონდა: გერდ მიულერი გახდა საუკეთესო თავდამსხმელი 40 გატანილი გოლით. მანვე კელნთან თასის ფინალში გადამწყვეტი გოლიც გაიტანა. იმავე ლატეკის ხელმძღვანელობით გუნდმა ზედიზედ 2 წელი დაიცვა თასი. 1974 წელს ბაიერნმა მოიგო ჩემპიონთა თასი. შვარცენბეკმა გაათანაბრა ანგარიში ბრიუსელში მადრიდის ატლეტიკოს წინააღმდეგ, ხოლო დამატებით შეხვედრაში გუნდმა მოიგო მატჩი ანგარიშით 4:0. დუბლი შეასრულეს ული ჰიონესმა და გერდ მიულერმა.
მიუხედავად იმისა, რომ ბაიერნმა 1980 წლამდე ბუნდესლიგაში პაუზა გააკეთა, საერთაშორისო არენაზე მათ სამჯერ მოიპოვეს ტიტულები. მათ მოიგეს ევროპის ჩემპიონთა თასი 1975 წელს (2:0 ლიდსის წინააღმდეგ), 1976 წელს კი გაიმეორეს მიღწევა, როდესაც გლაზგოში სენტ-ეტიენი დაამარცხეს ანგარიშით 1:0. ამასთან ერთად ბაიერნმა იმავე წელს მოიგო საკონტინენტთაშორისო თასიც, დაამარცხა რა კრუზეირო ორ მატჩიან შეხვედრაში. ამ პერიოდში გუნდის მწვრთნელი იყო დიტმარ კრემერი.
1978-83 წლებში ბაიერნს წვრთნიდა პოლ ჩერნაი. მის დროს კლუბი ორჯერ, 1980–81 წლებში გახდა გერმანიის ჩემპიონი.
1987 წელს ბაიერნის მწვრთნელი გახდა იუპ ჰეინკესი, ვისი ხელმძღვანელობითაც გუნდმა ორჯერ მოიპოვა გერმანიის ჩემპიონობა 1989–90 წლებში. ჰეინკესმა გუნდი 91/92 სეზონში დატოვა, მისი ადგილი კი სორენ ლერბიმ დაიკავა. თუმცა გუნდის აღმავლობა მაინც არ შეინიშნებოდა, მიუნხენელები აღმოჩნდნენ ბუნდესლიგიდან გავარდნის საშიშროების წინაშე. ასეთ მდგომარეობაში ჩაიბარა გუნდი ერიხ რიბეკმა. კარლ-ჰაინც რუმენიგემ და ფრანც ბეკენბაუერმა კი ვიცე-პრეზიდენტების პოსტები დაიკავეს. 93/94 სეზონში კაიზერ-ფრანცმა მწვრთნელის პოსტზე შეცვალა ერიხ რიბეკი და ბაიერნი გერმანიის ჩემპიონი გახადა.
ამის შემდეგ დადგა ჯოვანი ტრაპატონის ეპოქა. მართალია, მას კარგი დამოკიდებულება ჰქონდა ფეხბურთელებთან და ხელმძღვანელობასთან, მაგრამ, მიუხედავად ამისა, მან ვერ შესძლო სასურველი წარმატებების მიღწევა. გუნდმა 94/95 სეზონში გერმანიის ჩემპიონატში მე-6 ადგილი დაიკავა, ხოლო ჩემპიონთა ლიგის ნახევარფინალში ამსტერდამის აიაქსთან წააგო. ამის გამო გუნდში ტრაპატონის ნაცვლად მოვიდა ოტო რეჰაგელი. მას მოჰყვნენ კლინსმანი, ჰერცოგი და სფორცა. მაგრამ ოტოც მალე იძულებული გახდა დაეტოვებინა მწვრთნელის პოსტი დროზე ადრე, მიუხედავად იმისა, რომ მან ნახევარ სეზონში მოახერხა გუნდის უეფა-ს თასის ფინალში გაყვანა, სადაც მისი მეტოქე ბარსელონა იყო. ფინალში, ოლიმპიაშტადიონზე ნათამაშები ფრის (2:2) შემდეგ, თითქოს უკვე გამოვლენილი იყო გამარჯვებული, მაგრამ განმეორებითი მატჩი ბაიერნისთვის სასიკეთოდ დამთავრდა. ბაბელმა და ვიტეჩეკმა შესძლეს საბოლოო ანგარიშის დაფიქსირება — 2:1. ფინალის დღეებში, როდესაც ფრანც ბეკენბაუერი ითავსებდა გუნდის მწვრთნელობას და მის ხელმძღვანელობას, მან მოახერხა ის, რომ ბაიერნმა პირველად თავის ისტორიაში მოიპოვა უეფა-ს თასი. თუმცა საერთო სურათს დორტმუნდის ბორუსიის ჩემპიონობა აფუჭებდა. ამის შემდეგ ტრაპატონი ისევ დაუბრუნდა გუნდს და ორი წლის განმავლობაში ბაიერნს ორი გამარჯვება მოუტანა: გერმანიის ჩემპიონატში 1997 წელს და გერმანიის თასზე 1998 წელს.