ელტონ ჯონი დაიბადა 1947 წლის 25 მარტს, ლონდონის ჩრდილოეთ ნაწილში, პინერში. მისმა მშობლებმა, სტენლი და შეილა დუაიტმა შვილს რეჯინალდი დაარქვეს. ბავშვობიდან იგი ავლენდა ინტერესს მუსიკის მიმართ, რასაც ხელი შეუწყო დედამაც. ისინი ხშირად უკრავდნენ ფორტეპიანოზე. მაგრამ მამა ამის წინააღმდეგი იგი, მიუხედავად იმისა, რომ თავად უკრავდა სამეფო საჰაერო ძალების ორკესტრში.

ოთხი წლის ასაკში დუაიტების შვილს უკვე შეეძლო სმენით ნებისმიერი მელოდიის დაკვრა. იგი ისმენდა ძველ და პოპულარულ ჩანაწერებს და იმახსოვრებდა ყველაფერს.

13 წლის ასაკში რეჯის მშობლები ერთმანეთს გაეყარნენ, რაც შვილმა მეტად განიცადა. ამ პერიოდიდან იგი უკვე ატარებდა სათვალეებს, რაც, მისივე თქმით, ბადი ჰოლისადმი პატივისცემის ნიშანი იყო. სათვალეები მომავალში მის ერთ-ერთ ჰობიდ იქცა.

12 წლის ასაკში მუსიკის სამეფო აკადემიამ რეჯის შესთავაზა უფასო განათლება. გახარებული რეჯი ყოველ შაბათს დადიოდა აკადემიაში. მისი მამინაცვალი, დეკორატორი პროფესიით, მხარს უჭერდა რეჯის გადაწყვეტილებას, მუსიკას გაჰყოლოდა.