1991 წელს გამოვიდა ფილმი ორი ოთახი, რომელშიც მოთხრობილი იყო ბერნისა და ელტონის თანამშრომლობის შესახებ. ასევე გამოიცა ალბომი Two Rooms: Celebrating the Songs of Elton John & Bernie Taupin, სადაც ელტონის სიმღერებს სხვა ცნობილი მუსიკოსები ასრულებდნენ. 1991 წელს კომპოზიციამ Basque მიიღო გრემი წლის საუკეთესო ინსტრუმენტული კომპოზიციის კატეგორიაში. ელტონი ასევე მიწვეული სტუმრის სახით წარდჰა ფრედი მერკურის ხსოვნის კონცერტზე.

1992 წელს ელტონ ჯონმა ჩამოაყალიბ შიდსთან ბრძოლის საკუთარი ფონდი. მან ასევე გამოაცხადა, რომ აშშ-ში თავისი სინგლების მომავალი გაყიდვებიდან შემოსული თანხების ნაწილს გადარიცხავს ამ ფონდში და ბრიტანეთში, შიდსის კვლევის ცენტრში. იმავე წელს მან გამოუშვა მორიგი სტუდიური დისკი The One. მან ასევე მონაწილეობა მიეღო ფრედი მერკურისადმი მიძღვნილQueen-ის კონცერტში, უემლის სტადიონზე, სადაც ასევე ბევრი სხვა ცნობილი მუსიკოსი გამოდიოდა.

1992 წლის MTV-ის მუსიკალური ვიდეოების დაჯილდოებაზე მან, ჯგუფის განზ ენ როუზისთან ერთად შეასრულა მათი პოპულარული სიმღერა November Rain. შემდეგ წელს მან გამოსცა ცნობილ მუსიკოსებთან ერთად ჩაწერილი დუეტების ალბომი. უდიდესი წარმატება იქონია მისმა 1994 წლის ნამუშევარმა - მუსიკამ დისნეის კომპანიის ანიმაციური ფილმისათვის მეფე ლომი, განსაკუთრებით ორმა კომპოზიციამ ამ ფილმიდან - Circle of Life და Can You Feel the Love Tonight. დისკი მუსიკის ჩანაწერით გაიყიდა 15 მილიონი ასლის ოდენობით და ალმასის სტატუსი შეიძინა.

1994 წელს ელტონ ჯონი შეყვანილი იქნა როკ ენ როლის დიდების დარბაზში. მანამდე, 1992 წელს იგი და ბერნი ტოპინი უკვე შეიყვანეს სიმღერის ავტორთა დიდების დარბაზში. 1995 წელს ელტონ ჯონს მიენიჭა ბრიტანეთის იმპერიის ორდენის კომანდორის წოდება.

1995 წელს გამოვიდა მუსიკოსის ერთ-ერთი ყველაზე წარმატებული სტუდიური დისკი, Made in England. წარმატება იქონია მისმა სინგლმაც, Believe. შემდეგ წელს გამოვიდა ელტონ ჯონის კრებულიLove Songs.

1997 წელი მუსიკოსისათვის საკმაოდ რთული აღმოჩნდა. თუ წლის პირველ ნახევარში იგი საკუთარ 50ე იუბილეზე ლუი XIV-ს კოსტუმში გამოწყობილი გამოჩნდა და მხიარული დროც გაატარა, წლის ბოლოს დაკარგა ორი დიდი მეგობარი - ჯანი ვერსაჩე და პრინცესა დაიანა.

სექტემბერში მან ტოპინთან ერთად გამოსცა სიმღერის Candle in the Wind ახალი ვერსია, Candle in the Wind 1997. თუკი პირველი ვარიანტის ტექსტი ეძღვნებოდა მერილინ მონროს, მეორე დაიანას მოგონებას წარმოადგენდა. ელტონი ასევე გამოჩნდა პრინცესას სამგლოვიარო ცერემონიაზეც, სადაც ეს სიმღერა შეასრულა. შემდეგ წელს სინგლმა მიიღო ’გრემის’ ჯილდო კატეგორიაში ’მამაკაცის საუკეთესო პოპ-ვოკალური შესრულება’.

იმავე წელს გამოვიდა მისი კიდევ ერთი სტუდიური დისკი, The Big Picture.

1998 წელს ჯონმა და რაისმა დაწერეს მიუზიკლი Elaborate Lives: The Legend of Aida. მისი პრემიერა გაიმართა ატლანტაში. ასევე გამოვიდა ალბომი, რომელზეც სხვადასხვა შემსრულებელი ასრულებს სიმღერებს მიუზიკლიდან.